寬永寺的歷史與1603年至1867年江戶時代期間統治日本的德川幕府密不可分。寬永寺原本的伽藍建築幾乎在慶應4年（1868年）爆發的上野戰爭中（屬於戊辰戰爭的一部分）被完全摧毀，後來也沒有復原。
導覽板可以看出寛永寺現存的建物，可說是分布在上野恩賜公園各處。
初代將軍德川家康（1543年－1616年）在統一全國後，試圖將其根據地江戶（今東京）提昇為事實上的首都。為了超越古代朝廷所在的京都，幕府推行了一系列野心勃勃的建設與公共工程計畫。這項工程在1620年代達到高峰，家康的兒子兼繼承人德川秀忠（1579年－1632年）命令將現今上野地區由三位大名擁有的土地劃為新佛教寺院的用地。
這塊土地被捐贈給當時日本著名的佛教僧侶，同時也是幕府信賴的顧問——天海僧正（約1536年－1643年）。天海與京都淵源深厚，曾擔任江戶幕府與朝廷之間的聯絡者，並致力於重建因戰亂而毀壞的延曆寺。延曆寺是日本歷史上最有影響力的佛教寺院之一。天海奉命在江戶建立一座堪與其他寺院比肩，並能彰顯江戶優勢的佛教寺院——也就是京都延曆寺的「東方版本」。他將這座寺院命名為「東叡山寬永寺」，「東叡山」意指「東方的比叡山」（比叡山是延曆寺所在的山），而「寬永寺」則源自創建當時的年號「寬永」（1624年～1644年）。這與延曆寺命名自年號「延曆」（782年～806年）如出一轍。
寬永寺住持的居所於1625年完工，這一年也被視為寬永寺的創建年份。不過，龐大的寺院擴建工程持續了數十年，並參考了多座京都名寺的建築風格。天海圓寂後，由其弟子公海（1608年－1695年）繼承，但最終將住持之位讓予後水尾天皇（1596年－1680年）之子、法親王守澄（1634年－1680年）。此舉進一步提升了寬永寺的聲望。
由於與幕府關係密切，寬永寺不斷發展擴大。在鼎盛時期，寺域比今日的上野恩賜公園還要廣闊，山主擁有極大的宗教與政治影響力。17世紀中葉，寬永寺的重要性更上層樓。第三代將軍德川家光（1604年－1651年）表達了希望在自己親手創建的寬永寺舉行葬禮的願望。他的繼任者家綱（1641年－1680年）與綱吉（1646年－1709年）更進一步，指示將自己安葬於寬永寺，而非傳統上的德川家菩提寺——位於江戶城南側的增上寺。這種對傳統的背離一度讓僧侶感到困惑，因而隨後將軍們輪流安葬於增上寺與寬永寺之間，直到江戶幕府統治結束。
初代歌川広重《東都名所 上野東叡山圖絵》東京都立図書館蔵
初代歌川広重《東都名所 上野東叡山ノ図》本間美術館蔵
1867年，幕府崩壞。同年，忠於天皇的維新軍推翻了武家政權，擁立明治天皇（1852年－1912年）為國家元首。德川家的敗亡也帶來了寬永寺的衰敗。1868年7月，儘管江戶已被維新軍掌控，仍有約2,000名忠於幕府的志士在寺內構築防線進行最後抵抗。最終，他們完全潰敗，占據的建築物也在戰火中燒毀。新政府對寬永寺態度冷淡，除少數建物外，其餘皆遭拆毀，寺地也被沒收，最終成為今日的上野恩賜公園。寬永寺直到1879年才得以重建，至今仍靜靜佇立在公園北側，靠近幾位德川將軍的靈廟。
三月初的根本中堂前有一株白的、與一株紅的枝垂梅，紅色的枝垂梅特別人氣
